Главные герои сериала – специальные агенты Дана Скалли и Фокс Малдер, которые имеют большой опыт работы в ФБР. Вместе они трудятся над особым проектом «Секретные материалы», включающим все таинственные и нераскрытые дела.

Малдеру и Скалли приходится окунуться в неизведанный мир паранормальных явлений, где появление вампиров, оборотней, инопланетных пришельцев и мутантов, считается, чуть ли не привычным делом. Агент Малдер убежден, что пришельцы существуют и многократно посещали нашу планету, а здравомыслящая Дана Скалли считает, что всему должно быть свое разумное и научное объяснение.

Поначалу натянутые отношения между напарниками, перерастают в настоящую дружбу, и они всячески защищают друг друга перед начальством и на опасных заданиях. Их непрерывные дискуссии становятся неотъемлемой частью интересного и дружеского общения, которое постепенно перерастает в нечто большее и глубокое, чем обыкновенная дружба.