Новый город Эдж, возведенный на руинах Мидгара, уничтоженного падением метеора сталкивается с новой проблемой – «Геостигмой», неизученной и неизлечимой болезнью, стремительно уносящей жизни землян.
Клауд, некогда сотрудник компании «Шин-Ра», после неудачного покушения получает предложение о восстановлении на службу. Мужчина отвечает отказом, но при этом узнает о личностях, нападавших на него людей, которыми оказываются подручные некоего Кададжа. Вскоре выясняется, что таинственный незнакомец - дух Сефирота, бывшего сверхсолдата «Шин-Ра», который ищет генетический материал инопланетного могущественного существа.
Для реализации своих темных планов Кададж похищает заболевших детей, решив использовать их как живой щит для получения контейнера с искомыми клетками.
Единственным способным противостоять злодею и его подручным является Клауд, который решает спасти детей и уничтожить Зло, для чего заручившись поддержкой друзей, отправляется в затерянный город.