Неисчислимая армия машин готовится к штурму последнего оплота людей – города Зиона. Бездушные машины намерены стереть с лица земли город и всех его жителей. Силы противоборствующих сторон явно не равны, и у жителей Зиона практически нет никаких шансов на победу. Им остается лишь с достоинством погибнуть, отстаивая и защищая свой город. Тогда Нео решается использовать последнюю возможность, предначертанную когда-то прорицательницей, и отправляется в стан врага, чтобы сделать все зависящее от него. На месте выясняется, что Смит уже вышел из-под постоянного контроля машин, и теперь сам направляет деятельность Матрицы. И теперь Нео предстоит в одиночку противостоять Смиту, и только в случае победы, у жителей Зиона появится шанс на продолжение жизни. Все надежды друзей Нео и всех людей устремлены к нему, ведущему тяжелый бой не на жизнь, а на смерть.